Estimado Marianico2, voy a intentar contestar brevemente a tus preguntas pero te voy a remitir a una obra que, en mi opinión, puede ayudarte mucho más que yo, puesto que se trata de un mini resumen de la gigantesca Teoría del Cierre Categorial.
R1: La "ciencia" tal y como queda enunciada por tí, carece de referente ya que en realidad no existe la "ciencia" en singular sino las ciencias, unas enfrentadas a las otras y con unos ámbitos/parcelas de trabajo completamente diferenciados (poco tiene que decir el químico sobre una subordinada sustantiva de infinitivo). Todos somos filósofos y al usar el universalizador, quedan, como es obvio, incorporados los científicos. Es decir, la actividad científica siempre está configurada entorno a una determinada idea de "ciencia". A partir de esta concepción podemos encontrar filosofías de la ciencia teoreticistas, adecuacionistas, realistas, materialistas...
R2: exactamente, toda teoría científica está realizada en base a una determinada Idea de "ciencia".No existe un ámbito que podamos definir como ámbito/parcela de la filosofía sino que esta se nos desvela surgiendo de los conceptos con los que se construye el mundo.
R3: por ejemplo las matemáticas, en las cuales se trabaja con multitud de ideas, por ejemplo: la idea de infinito, la idea de 0... Otro ejemplo podria ser la psicología en tanto que por ejemplo muchos psicólogos trabajan con la paraidea de felicidad, la cual no es un concepto (claro, distinto, unívoco). En medicina también se trabaja, además de con conceptos definidos, con ideas como salud, enfermedad, bienestar... Es decir, de los procedimentos conceptuales de los campos operatorios por los que las diversas actividades científicas van configurando el mundo, surgen las ideas filosóficas que no pueden ser tratadas mediante los conceptos.
R4: la tarea de la filosofía es la enunciada ya por Platón. La symploké, el entretejimiento de las ideas entre sí, a fín de configurar lo que venimos denominando como mapamundi.
R5: con la distincíon entre ciencías alfaoperatorias y betaoperatorias. Para entender mejor esto te dejo los siguientes enlaces y el siguiente opúsculo que es un resumen de la TCC.
Qué es la ciencía. La respuesta de la Teoría del Cierre Categorial:
www.filosofia.org/aut/gbm/1995qc.htm
metodologías alfa-beta:
www.filosofia.org/filomat/df230.htm
www.filosofia.org/filomat/df228.htm
www.filosofia.org/filomat/df231.htm
www.filosofia.org/filomat/df232.htm
Un saludo