Lo único que he estudiado en la carrera que se refiera a los mapas está en la asignatura Antropología cognitiva y simbólica. Concretamente en el capítulo "Espacio 1" del libro de Honorio Velasco "Cuerpo y espacio".
Allí Velasco explica que todo mapa no es (como a veces se piensa) una representación fiel de una realidad geográfica o espacial de un terreno, sino una interpretación simbólica que incorpora prejuicios y juicios de valor socialmente adquiridos e interiorizados. Velasco, para mostrar esto, propone reflexionar sobre una narración de Jorge Luis Borges, que se refiere a una civilización en la que existía auténtica obsesión por la cartografía. Los cartógrafos hacía mapas cada vez más y más exactos, recogiendo más detalles, acercándose cada vez más a una representación exacta de los territorios. Al final lo que acaban construyendo no es un mapa, sino otro mundo que es una réplica exacta del mundo reproducido. Si no se omiten cosas, si no se selecciona lo que hay que representar y no se actúa mediante un sistema de simbolización, lo que se construye no es un mapa, sino un mundo paralelo.
No sé muy bien a que te refieres con lo de los mapas de epidemias. Supongo que es algo como esto:
Puede verse en este mapa lo convencional de la representación, que tiene mucho más de simbolismo que de auténtica imagen de una realidad. Así, la tierra real no tiene fronteras, que sin embargo aquí aparecen dibujadas con líneas blancas. Y, además, a pesar de tratarse de un mapa que representa, presuntamente, la Europa del siglo XIV, época de la peste negra, las fronteras son las actuales (por ejemplo, no aparecen delimitados el Reino de Castilla y el Reino de Aragón, sino la España actual); eso se hace, evidentemente, para que pueda "leer" el mapa un hombre actual (con las fronteras antiguas o sin fronteras tendría dificultades para ubicar las áreas). Por otro lado, pese a la naturaleza presuntamente espacial de un mapa, éste es un mapa temporal, pues los colores representan "las áreas de incidencia más temprana": ¿cómo puede una representación presuntamente espacial representar la temporalidad de ciertos sucesos? Eso sólo es posible si el mapa no representa realmente el espacio, sino que es casi un cronograma.
El convencionalismo cultural se manifiesta también en los colores. Así el color rojo o naranja representa la enfermedad mientras que el azul o el verde la salubridad. Eso es puramente convencional, pues es difícil pensar que áreas soleadas al lado del mar son más insanas que los insalubres pantanos brumosos del norte.
De ahí que la "objetividad" cartográfica o de la ciencia geográfica deba ser puesta en cuestión. Hay multitud de convencionalismos latentes en la cartografía (Cuervo Ingenuo alude al colonialismo, pero éste es sólo un fenómeno parcial dentro un "subjetivismo" global: toda representación es convencional y está culturalmente mediada a través de símbolos) hasta el punto de que un mapa no es sino un producto cultural que recoge esquemas culturales previos y sirve para culturizar a los propios miembros de una cultura, en un proceso típico de retroalimentación recíproca.