Hola, ya lo he solucionado. Primero hice la beca y al volver a hacer la matricula me salia la opción de poner la beca, creo que fue un error del servicio y no por hacerla antes, pero si no te sale prueba a hacerla antes.
En cuanto al pago, no tienes que pagar hasta que no te digan si te dan la beca o no, y si no te la dan trás avisarte tienes, sino recuerdo mal, diez días para pagar la matrícula. Hasta entonces la matrícula te sale en pendiente.
Aunque los de las becas suelen ser muy lentos y hasta el segundo cuatrimestre no suelen darte la respuesta de si te la aprueban o no. Yo ya tengo hecha la matrícula pero sin enviar porque me sale un documento que tengo que sacar y no sé porque, así que iré a informarme a mi centro asociado. Un saludo